استفاده از ابزارهای نرم افزار FSL در متلب

دنبال استفاده از ابزار ماسک کردن تصویر مغز بودم. بهترین موردی که دیده بودم ابزار BET در نرم افزار FSL بود. (نرم افزار FSL برای ویندوز عرضه نشده! فقط لینوکس و مک)

مهم این است بدونید نرم افزار FSL و کتابخانه های در چه مسیری نصب شده اند. در مورد سیستم من که از ubuntu 16.04 و FSL 5.0 استفاده می کنم این نرم افزار به طور پیش فرض در مسیر زیر نصب شده که ممکنه در توزیع های دیگر لینوکس یا نسخه های مختلف FSL فرق کند.

مسیر نصب نرم افزار:

/usr/share/fsl/5.0

مسیر نصب کتابخانه ها:

/usr/lib/fsl/5.0

کاری باید کرد این هست که اول کد متلبتون دو خط زیر رو اضافه کنید:

setenv(‘FSLDIR’,’/usr/share/fsl/5.0′);
setenv(‘FSLLIB’,’/usr/lib/fsl/5.0′);

 و به صورت الگوی زیر دستورات FSL رو در متلب اجرا کنید:

system(‘sh -c “. ${FSLDIR}etc/fslconf/fsl.sh;${FSLLIB}bin/<FSL command>”‘)

به طور مثال برای حالتی که من می خوام از BET استفاده کنم این کار رو می کنم:

file_name_in = ‘fsl_in.nii’;
file_name_out = ‘fsl_out.nii’;
file_name_out_mask = ‘fsl_out_mask.nii’;

cmd = [‘sh -c “. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh; ${FSLLIB}/bet’ ‘ ‘ file_name_in ‘ ‘ file_name_out ‘ -m”‘];
system(cmd);

به طور پیش فرض BET هنگام ذخیره نتایج اون ها رو با پسوند nii.gz ذخیره می کنه. اگر می خواهید به صورت فشرده ذخیره نشوند یعنی با پسوند nii فقط ذخیره بشوند کافی هست فایل زیر رو ویرایش کنید

/usr/share/fsl/5.0/etc/fslconf/fsl.sh

و مقدار متغیر  FSLOUTPUTTYPE رو به NIFTI تغییر بدید.

امیدوارم مفید واقع یشود.