گاه نوشته های یک علاقه مند
معادله بلاخ یک معادله ی مهم و پایه در MRI است که توسط Felix Bloch معرفی شد. با استفاده از معادله بلاخ می تونیم مغناطیس شدگی اسپین ها رو به صورت تابعی از زمان در حضور میدان مغناطیسی بدست آوریم. در این فیلم آموزشی توضیح کوتاهی در مورد معادله بلاخ در MRI داده میشه و سپس این معادله رو در حالت اعمال یک rect RF pulse در متلب شبیه سازی می کنیم. برای این منظور از تابع ode45 متلب استفاده می کنیم و سعی میکنیم معادله بلاخ رو با محاسبات عددی حل کنیم.
دنبال استفاده از ابزار ماسک کردن تصویر مغز بودم. بهترین موردی که دیده بودم ابزار BET در نرم افزار FSL بود. (نرم افزار FSL برای ویندوز عرضه نشده! فقط لینوکس و مک) مهم این است بدونید نرم افزار FSL و کتابخانه های در چه مسیری نصب شده اند. در مورد سیستم من که از ubuntu 16.04 و FSL 5.0 استفاده می کنم این نرم افزار به طور پیش فرض در مسیر زیر نصب شده که ممکنه در توزیع های دیگر لینوکس یا نسخه های مختلف FSL فرق کند. مسیر نصب نرم افزار: /usr/share/fsl/5.0 مسیر نصب کتابخانه ها: /usr/lib/fsl/5.0 کاری باید...
در اینجا شبیه سازی اسپین اکو که یکی از پرکاربردترین متدهای تصویرگری در MRI است رو قرار می دم. بدین صورت که ابتدا یک پالس ۹۰ درجه در راستای محور x وارد می کنیم. ۲۵ میلی ثانیه صبر می کنیم و سپس پالس ۱۸۰ درجه رو در راستای محور y وارد کرده و بعد از ۲۵ میلی ثانیه پالس اکو رو دریافت می کنیم. در این شبیه سازی از فانکشن های مربوط به شبیه سازی معادله بلاخ و زمان آسایش اسپین ها که قبل تر در اینجا قرار گرفت استفاده شده است. ابتدا یک تک اسپین رو مورد مطالعه قرار...
برای ادامه ی شبیه سازی هام معادله ی معروف و اساسی بلاخ یا Bloch (شایدم تلفظ دیگری داره) رو در متلب پیاده کردم. چیزی جز حل یه معادله دیفرانسیل نیست. تابع مورد نظر به صورت زیر نوشته میشه: [t, M] = bloch_sim(M0, dW, B, Alpha) در این تابع M0 مقدار اولیه مغناطیس شدگی، dw مقدار off-resonance و B هم به صورت یک بردادر ۳*۱ وارد میشه که اندازه ی پالس RF رو در دو جهت x و y و همچنین مقدار B0 در جهت z رو دریافت می کنه. مقدار Alpha هم زاویه چرخش یا همون flip -angle است. چیزی...
این مدت که وقت آزاد بیشتری دارم برای خودم معادلات و مفاهیم ساده ی MRI در متلب شبیه سازی می کنم. سعی می کنم اون ها رو همراه با کد متلب در اینجا هم قرار بدم. موردی که الان قرار می دم مربوط میشه به relaxation اسپین ها. بدین صورت که معادله بلاخ رو برای حالت آسایش اسپین ها حل می کنیم. کد برنامه ۵ تا ورودی میگیره. اولین پارامتر مبین وضعیت فعلی بردار مغناطیس شدگی، دومین پارامتر مبین مقدار off-resonance رو بر حسب هرتز است. سومین و چهارمین پارامتر به ترتیب T1 و T2 هستند و نهایتا پارامتر آخر هم...
